تمارس الوكالة مهامها على مجموع موانئ المملكة باستثناء الميناء الواقع داخل المنطقة الخاصة للتنمية طنجة - البحر الأبيض المتوسط المحدثة بموجب المرسوم بقانون رقم 2.02.644 الصادر في 2 رجب 10( 1423 سبتمبر )2002 المصادق عليه بموجب القانون رقم 60.02 الـصـادر بـتـنـفـيذه الظهير الشريف رقم 1.03.25 في 20 من محرم 1424 ( 24 ماي .)2003 وتتوفر ، للقيام بنشاطها ، على هياكل إدارية لكل ميناء أو مجموعة موانئ
المادة 32
قانون المتعلق بالموانئ وإحداث الوكالة الوطنية للموانئ